Por invitación del entonces presidente Enrique Peña Nieto el Papa Francisco realizó su única visita a México del 12 al 17 de febrero del 2016, al considerar que es el segundo país con más católicos del mundo, casi 98 millones, solo detrás de Brasil.

El Papa Francisco llegó al Hangar Presidencial del Aeropuerto Internacional de la Ciudad de México el viernes 12 de febrero de 2016, y fue recibido por Peña Nieto y su entonces esposa Angélica Rivera. Luego, arriba de su papamóvil se dirigió hacia la sede de la nunciatura apostólica de Benito Juárez acompañado por feligreses en las calles a lo largo de su recorrido.

El encuentro oficial con el Presidente tuvo lugar el 13 de febrero en el Palacio Nacional y se convirtió en el primer Pontífice en visitar la casa del gobierno mexicano.

Luego el sumo pontífice recibió las llaves de la Ciudad de México de la mano del exjefe de gobierno Miguel Ángel Mancera, y brindó una misa en la Basílica de Guadalupe.

Al día siguiente, Francisco sobrevoló la zona arqueológica de Teotihuacán y ofreció una misa masiva en Ecatepec donde asistieron más de 400 mil personas.

El domingo 15 se presentó en San Cristóbal de las Casas, Chiapas, y la misa fue dedicada a los Pueblos Indígenas. Allí pidió perdón por el trato de la Iglesia Católica a las comunidades indígenas de América en el pasado.

Un día antes de su regreso a Roma, el sumo pontífice viajó hacia Morelia, Michoacán. Allí se reunió con sacerdotes, religiosos y seminaristas. Finalmente, el 17 de febrero cerró su viaje en Ciudad Juárez, Chihuahua, donde pidió justicia para los migrantes y denunció la violencia y explotación que enfrentan.

Durante su estancia en el país, el sumo pontífice visitó los estados de Ciudad de México, y los estados de México, Chiapas, Michoacán y Chihuahua. De acuerdo a la Secretaría de Relaciones Exteriores indica que la visita del Papa Francisco había comenzado a gestarse en 2014, cuando Peña Nieto viajó a la Santa Sede de la Ciudad del Vaticano.