Tras el cierre de casillas, los funcionarios electorales agrupan las boletas en tres paquetes: votos emitidos, no usados y vacíos. Estos se envían a los 300 Consejos Distritales, donde equipos ciudadanos y personal del INE realizan el conteo. Los cómputos se llevarán a cabo en este orden:
- Ministros de la SCJN: 1–3 de junio
- Magistraturas del Tribunal de Disciplina Judicial: 3–4 de junio
- Sala Superior del TEPJF: 4–5 de junio
- Salas Regionales del TEPJF: 5–6 de junio
- Magistraturas de Circuito: 6–8 de junio
- Jueces de Distrito: 7–10 de junio